4D-OMICS

L'ambition du projet 4D-OMICS est de mettre en place une ressource numérique régionale cohérente capable de dynamiser les programmes de recherche en biologie des partenaires impliqués.

Ce projet vient répondre aux besoins de la communauté OMICS des 7 partenaires au sein de l’université ainsi, que l’AP-HM et l’université de Nice. Le projet comporte après étude le regroupement des besoins, l’achat et la mise en production de 8 pétaoctets (Po) de stockage et d’un certain nombre de moyens de calcul (CPU & GPU) pour effectuer des traitements. La communauté des enseignants-chercheurs bénéficiera des avancées de ce projet.

Le projet 4D-OMICS a obtenu des financements dans le cadre de l'action "Équipements structurants pour la recherche : EquipEx+" du Programme d’Investissements d’Avenir 3.

Objectifs

Le projet scientifique vise à décrypter à différentes échelles les mécanismes fondamentaux qui régissent les organismes vivants (des molécules aux organismes considérés dans leur environnement complexe). Les nouvelles avancées technologiques de la biologie se traduisent par la production de données massives et complexes, hétérogènes et souvent multi-dimensionnelles.

Elles ouvrent de nouvelles perspectives pour déchiffrer des processus biologiques complexes qui sont :
- Dynamiques (cf biologie du développement, évolution),
- Multi-variés (affectant des molécules, des paramètres physico-chimiques) et,
- Multi-échelles (allant des molécules aux écosystèmes, de la milliseconde à des millions d'années).

Relever les grands défis de la biologie nécessite des solutions dédiées au traitement et la gestion de grandes masses de données, à l'interface entre la biologie et les sciences des données.

Mettre en place une ressource numérique régionale cohérente, capable de dynamiser nos programmes de recherche, c'est l'ambition collective de nos deux universités intensives en recherche : 4D-omics vise à structurer la composante biologique de DATACENTER SUD, le nouveau centre de données régional de la Région Sud.

Impacts

Le projet rassemble les équipements et les ressources nécessaires pour réaliser des programmes à fort impact qui nécessitent un stockage massif de données et un calcul performant.
L'équipe de recherche construit l'infrastructure 4D-omics de telle sorte qu'elle puisse stocker et traiter des données biologiques, modéliser les organismes vivants pertinents et intégrer l’impact des changements moléculaires et cellulaires qui ont lieu dans les systèmes biologiques normaux ou pathologiques. 
Elle traite l’ensemble du cycle de vie des données (acquisition, stockage, analyse, conformité aux principes FAIR pour une science ouverte).

4D-omics met en place une plateforme de données très visible en biologie, bien articulée avec l’ensemble des infrastructures nationales en biologie et en santé.

La mise en place est organisée en deux étapes :

- Au cours de la phase d'installation (Années A1-A3), une configuration initiale de stockage et de traitement est testée sur une sélection de projets biologiques phares, sur la biologie à l'échelle de la cellule unique, la microbiologie, la métagénomique, les sciences de la santé, et l'imagerie.
- Pendant la phase opérationnelle (Années A4-A8), la ressource sera ouverte à des collaborations nouvelles et/ou externes, y compris émanant de partenaires privés.

4D-omics apporte une réponse régionale et pragmatique à la croissance des projets numériques de biologie sur UCA et sur MA, contribuant ainsi à préserver l'indépendance nationale de nos ressources informatiques. Le projet anticipe des collaborations étroites entre biologistes, mathématiciens et informaticiens une meilleure description des mécanismes d'interaction, de signalisation et de communication entre les biomolécules, les cellules, les organes et les espèces, et la mise en place de solutions transformantes en modélisation, dans l'interprétation et l'extraction de connaissances. Ces progrès seront facilement transposables à de nombreux domaines applicatifs, tels que le diagnostic, les décisions médicales, l'épidémiologie, l'agronomie et les sciences de l'environnement.